Recherche amont et excellence

ANCESTROME - Approche de phylogénie intégrative pour la reconstruction de "-omes" ancestraux

ANCESTROME - Approche de phylogénie intégrative pour la reconstruction de "-omes" ancestraux

Ce projet a pour but d'intégrer plusieurs échelles d'observation de l’histoire en biologie dans un même modèle. Il propose de reconstruire les génomes ancestraux des espèces actuelles, entendus non seulement comme des ensembles de gènes, mais comprenant aussi une structure, un fonctionnement, un environnement. Quatre types de données sur les génomes actuels et ancestraux seront intégrées : (i) le contenu en gènes, et par extension les capacités métaboliques des génomes, (ii) les séquences des gènes, (iii) leur organisation sur les chromosomes, (iv) les traits d'histoire de vie des organismes et leurs relations écologiques. La somme de ces informations permettra la reconstitution d'un arbre du vivant, dont les nœuds seront associés à des états ancestraux, et les branches à des évènements évolutifs concernant ces différents niveaux d'organisation.
Nous espérons ainsi retracer les évènements permettant d'expliquer les forces qui gouvernent l'évolution du monde vivant, ainsi que les conséquences fonctionnelles des changements moléculaires ou écologiques, éclairant ainsi les adaptations des organismes à leur environnement. 
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DEPREC – Des « récepteurs à dépendance » efficaces contre la progression des cancers

DEPREC – Des « récepteurs à dépendance » efficaces contre la progression des cancers

Contrairement au dogme postulant que les récepteurs ne fonctionnent qu’en présence de leur ligand, il a été proposé que certains récepteurs sont tout de même actifs en l’absence de leur ligand et induisent alors la mort cellulaire. La survie d’une cellule avec de tels récepteurs à sa surface est donc fortement dépendante de la présence de leurs ligands respectifs dans le milieu extérieur. Ces « récepteurs à dépendance » sont susceptibles d’être impliqués dans le développement de l’organisme et dans la régulation de la progression des cancers. Ce projet vise à mieux comprendre comment ces récepteurs induisent la mort cellulaire et à définir leur rôle précis au cours du développement. Les chercheurs tentent également de prouver que ces récepteurs représentent une barrière efficace contre la progression des cancers, afin de développer de nouvelles thérapies permettant de réactiver la mort induite par ces récepteurs lors de cancers. En savoir plus...

ECOFECT – Dynamiques éco-évolutives des maladies infectieuses

ECOFECT – Dynamiques éco-évolutives des maladies infectieuses

Financé par l’ANR dans le cadre du programme « Investissements d’Avenir », ECOFECT est un Laboratoire d’Excellence sélectionné en 2011 et regroupe 195 personnes. Il vise à décrypter les maladies infectieuses et leur rôle dans l’évolution des organismes pour mieux les prévenir et les soigner; à comprendre comment les changements globaux transforment les maladies humaines et animales, et ambitionne de développer des diagnostics intégrés et des traitements plus justes.
ECOFECT construit une expertise nouvelle, en se fondant sur la complémentarité de différentes communautés d’excellence existant sur Lyon : d’une part virologues, bactériologistes, immunologistes et cliniciens, et d’autre part écologues et évolutionnistes. 
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IMU – Intelligences des Mondes Urbains

IMU – Intelligences des Mondes Urbains

Un dispositif de recherche et d’expérimentations sur la ville et l’urbain
Dans le cadre du programme « Investissements d'Avenir », IMU - Intelligences des Mondes Urbains - est lauréat du 1er appel à projets « Laboratoire d'Excellence » (convention signée pour 2011-2020).  Avec ses 450 chercheurs issus de  26 laboratoires, ses 29 disciplines scientifiques (CNU), ses 6 thématiques scientifiques, sa Métropole Ateliers et sa future Résidence, IMU contribue à faire de l'Université de Lyon un haut lieu de recherche relatif à l'urbain et un dispositif unique de réflexion et d’expérimentation sur la métropolisation et l’urbanisation. 
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KELEGANS – Génétique et biologie cellulaire des canaux potassiques

KELEGANS – Génétique et biologie cellulaire des canaux potassiques

Les canaux potassiques ont un rôle crucial dans la genèse et la régulation du potentiel électrique de membrane des cellules animales. Le nombre de canaux, leurs propriétés spécifiques et la régulation de leur activité par différents mécanismes moléculaires et cellulaires ont un impact majeur sur la physiologie des cellules excitables et non excitables. L'objectif du projet Kelegans est d'identifier pour la premières fois de façon exhaustive les facteurs génétiques et les processus cellulaires régulant l'activité d'une famille de canaux potassiques nommés "canaux potassiques à deux domaines P (K2P)". Pour cela, nous utilisons un modèle animal simple, le vers C. elegans, car il permet de développer des stratégies génétiques puissantes dans un organisme intact. La fonction des canaux K2P étant largement conservée au cours de l'évolution, ces travaux pourront avoir des répercutions sur notre compréhension de processus physiopathologiques dans différents organismes et différents contextes cellulaires. En savoir plus >>

MICROMEGAS – L’exploration de sources alternatives d’énergie : l’eau salée changée en source d’électricité par des nanotubes

MICROMEGAS – L’exploration de sources alternatives d’énergie : l’eau salée changée en source d’électricité par des nanotubes

La nanofluidique est un champ émergent de la recherche, visant à explorer les propriétés de transport des fluides ultra-confinés à une échelle nanométrique. Il s’agit de créer de nouveaux dispositifs prenant avantage du comportement des fluides à cette échelle, qui permettraient de comprendre la matière dans des conditions extrêmes, mais également d’un point de vue technologique, d’envisager des applications potentielles notamment dans les domaines de l’ultrafiltration, de la désalinisation, de la conversion d’énergie. Ce projet s’intéresse plus particulièrement au comportement de l’eau dans un nanotube de carbone individuel. En savoir plus...

PLUS - Simulation des interactions des protéine-ligand dans le contexte du Fragment-Based Drug Design

Le Fragment Based Drug Design (FBDD) est une méthode de plus en plus reconnue comme alternative au criblage à haut débit ; c’est une méthode efficace d'identification et l’optimisation de molécules d’intérêt ; L'approche FBDD consiste à identifier des composés de faible poids moléculaire (fragments) qui se lient faiblement à une protéine cible. Ces molécules, très simples, avec peu de groupes fonctionnels affichent généralement une faible affinité pour la cible par rapport aux plus grosses molécules, souvent utilisées dans les criblages haut débit classiques.
L’optimisation des hits (par l'ajout de fonctions chimiques ou par liaison de 2 hits) est faite grâce aux informations structurelles issues de la cristallographie aux rayons X, technique essentielle dans la conception chimique, qui, seule, est insuffisante car mal adaptée aux petites molécules
De nouvelles méthodes pour évaluer rapidement les sites et modes de liaison de ces fragments sont donc nécessaires ; la RMN est l’une des méthodes la plus puissante de screening et d’identification des fragments, elle permet également l’identification du site de liaison du fragment grâce à la CSP (Chemical Shift Perturbation). Le projet PLUS utilise la CSP quantitative afin de mieux caractériser les propriétés de liaison des fragments ainsi que leur site et mode de liaison à la protéine cible. L'originalité réside dans l'analyse des propriétés de liaison de ligands d'affinité très faibles. Le produit final est un logiciel dédié à l'évaluation des positions de fragments lorsqu'il est lié à la protéine cible.
PLUS ouvre des perspectives importantes dans la compréhension de la complexité et de la polyvalence des interactions protéine-ligand de faible affinité, et aura un impact majeur tant dans le domaine de la biologie chimique que du Drug Design. 
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