Ce projet a pour but d'intégrer plusieurs échelles d'observation de l’histoire en biologie dans un même modèle. Il propose de reconstruire les génomes ancestraux des espèces actuelles, entendus non seulement comme des ensembles de gènes, mais comprenant aussi une structure, un fonctionnement, un environnement. Quatre types de données sur les génomes actuels et ancestraux seront intégrées : (i) le contenu en gènes, et par extension les capacités métaboliques des génomes, (ii) les séquences des gènes, (iii) leur organisation sur les chromosomes, (iv) les traits d'histoire de vie des organismes et leurs relations écologiques. La somme de ces informations permettra la reconstitution d'un arbre du vivant, dont les nœuds seront associés à des états ancestraux, et les branches à des évènements évolutifs concernant ces différents niveaux d'organisation.
Nous espérons ainsi retracer les évènements permettant d'expliquer les forces qui gouvernent l'évolution du monde vivant, ainsi que les conséquences fonctionnelles des changements moléculaires ou écologiques, éclairant ainsi les adaptations des organismes à leur environnement. 
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